Plant RNA extraction
1. sample은 액체질소에 얼린 후, 막자사발에 갈아 미리 powder 상태로 준비
2. e-tube에 Trizol 1ml 씩 분주해 놓는다.
3. powder가 뚜껑에 닫힐 정도로 가득 채운 후 열어둔다(sample이 터질 위험있음)
4. vortexing 10min, 4℃ centrifuge 12000rpm 10min
5. new tube에 1ml을 옮긴다.
6. chloroform 250ul 를 더해 vortex 10min, 4℃ centrifuge 12000rpm 10min
7. 상등액(600~650ul) 취하고 IPA를 80% add, mix
8. 4℃ centrifuge 12000rpm 15min
9. pellet을 확인하고, 70% DEPC-EtOH로 wash 1ml
10. 말린 후, 500ul DEPC로 녹인 후 PCI(동량) 첨가, vortex 5min
11. 4℃ centrifuge 12000rpm 10min
12. 상등액 400ul + 3M NaOAc 40ul(10%) + 100% EtOH 800ul, -20℃ 1시간
13. 4℃ centrifuge 12000rpm 15min
14. pellet wash with 75% EtOH and dry 10min(2번)
15. DEPC 30ul elution
16. Nano Drop을 이용해 정량 후, 실험할 양만큼씩 분주하여 -20℃ 보관
RNA 확인
1.5%(TBE 0.5x) Agarose gel 만든 후, 0.5x TBE(EDPC water) buffer에서 확인
RNA 1ul + RNA 2xdye → 65℃ 7min 후 ice 5min running 100V for 15min
